Szkoła Podstawowa w Chrustowie powstała na podstawie decyzji Wojewódzkiego Komitetu Koordynacyjnego Społecznego Funduszu Budowy Szkół w Poznaniu, zawartej w Akcie Erekcyjnym z dnia 09. kwietnia 1960 roku. W dniu tym został wmurowany kamień węgielny. Komitet Budowy Szkoły tworzyli: Józef Manecki - przewodniczący komitetu, Władysław Shiler – z-ca. przewodniczącego i sołtys wsi, Stefan Ślusarczyk - sekretarz komitetu i kierownik szkoły, Józef Matelski - przewodniczący Prezydium G.R.N., Ludwik Krakowiak - członek komitetu.

Budowa Szkoły - Pomnika Tysiąclecia Państwa Polskiego została zakończona w grudniu 1960 roku, a jej odbiór techniczny dokonany przez Komisję Odbiorczą wyznaczoną przez Kuratorium Okręgu Szkolnego w Poznaniu nastąpił 07. stycznia 1961 roku. Pierwszym dyrektorem szkoły został Stefan Ślusarczyk. Nauczanie w Szkole Podstawowej trwało wówczas siedem lat. W szkole zatrudnionych było 11 nauczycieli.

Dnia 11 lutego 1966 roku na zebraniu zatwierdzono projekt rozbudowy Szkoły w związku z wprowadzeniem ośmioletniego cyklu naucza- nia. Projekt rozbudowy obejmował: dwie sale lekcyjne o powierzchni 170 m i kancelarię kierownika szkoły. Uroczyste oddanie do użytku rozbudowanej części szkoły odbyło się 21. grudnia 1966 roku. Liczba uczniów w klasach I-VIII wynosiła wówczas około 180 dzieci i młodzieży w danym roku szkolnym.

Pod koniec lat sześćdziesiąt i w pierwszej połowie lat siedemdziesiątych Szkoła Podstawowa w Chrustowie była Zbiorczą Szkołą Podstawową, do której należały trzy punkty filialne czyli szkoły znajdujące się w pobliskich wsiach Górce, Niemieczkowie i Sycynie.

W 1982 roku zastępcą ówczesnego dyrektora szkoły Stefana Ślusarczyka została Grażyna Przymusińska. 30 sierpnia 1985 roku po Stefanie Ślusarczyku nowym dyrektorem szkoły zostaje mianowany Stanisław Nowak. Kieruje on placówką do roku 1990 kiedy to nowym dyrektorem zostaje Grażyna Przymusińska pełniąca wcześniej funkcję zastępcy dyrektora.

W związku z wprowadzeniem w latach 90-tych reformy systemu oświaty w szkole naukę pobierali uczniowie klas I-VI i oddziału przed- szkolnego. Liczba dzieci w różnych latach wynosiła od 130 do 150 uczniów. Po zlikwidowaniu systemu nauczania zmianowego szkoła zaczęła odczuwać problemy lokalowe. Liczba sal lekcyjnych była zbyt mała dla zapewnienia odpowiedniego komfortu nauczania dla uczących się w szkole uczniów. Pod koniec lat 90-tych pojawiła się pierwsza koncepcja rozbudowy szkoły zakładająca dobudowanie do istniejącego budynku dwóch sal lekcyjnych. Na początku nowego millenium koncepcja rozbudowy szkoły doczekała się kontynuacji. Projekt obejmował dobudowanie do istniejącej szkoły nowoczesnego budynku, w którym mieścić się będą trzy sale lekcyjne, przestronna aula, zaplecze kuchenne oraz zaplecze administracyjno-biurowe z nowym pokojem nauczycielskim, sekretariatem i gabinetem dyrektora.

Od 01 września 2007 roku po przejściu na emeryturę Grażyny Przymusińskiej nowym dyrektorem szkoły wyłonionym w drodze konkursu zostaje Krzysztof Zielonacki. W sierpniu 2008 roku realizacji doczekał się projekt dobudowania do szkoły nowoczesnego budynku, w którym mieścić się będą trzy sale lekcyjne, przestronna aula, zaplecze kuchenne oraz zaplecze administracyjno-biurowe z nowym pokojem nauczycielskim, sekretariatem i gabinetem dyrektora. Nowe skrzydło szkoły uroczyście oddano do użytku 13 listopada 2010 roku. Uczniowie rozpoczęli regularnie korzystać z nowego budynku w lutym 2011 roku. Jeszcze nie przebrzmiało echo radości związane z oddaniem do użytku nowego skrzydła szkoły, a jej społeczność zaczęła się przygotowywać do uroczystego Nadania Imienia Szkole. Po trwających blisko trzy lata przygotowaniach w czasie, których realizowano projekt Nadanie Imienia Szkole na Patrona Szkoły wybrano wybitnego sportowca i olimpijczyka Bronisława Malinowskiego. Uroczystości odbyły się 22 listopada 2011 roku. Rozpoczęła je Msza św. z poświęceniem sztandaru szkoły odprawiona w kościele p.w. św. Józefa Rzemieślnika w Popówku. Dalsza część uroczystości miałą miejsce w auli szkolnej. Gościem honorowym był brat Patrona Szkoły, Prezydent Grudziądza Pan Robert Malinowski wraz z małżonką. Podczas uroczystości przedstawiciele Rady Rodziców przekazali uczniom sztandar szkoły oraz dokonano odsłonięcia i poświęcenia przez Księdza kanonika Andrzeja Grabańskiego tablicy pamiątkowej poświęconej pamięci Patrona Szkoły.

W maju 2017 roku Burmistrz Obornik powierza dyrektorowi Krzysztofowi Zielonackiemu, który uzyskał akceptację komisji konkursowej, kierownie szkołą na czas kolejnej pięcioletniej kadencji 2017-2022.